依科学出版社出版的《中国学术期刊综合引证报告》，学报医学版2006年影响因子为0.463，在同类刊物中排第4名，2007年影响因子上升为0.721，在同类刊物排第2名，仅次于《北京大学学报（医学版）》。另外，学报医学版于2007年全文被美国《化学文摘》（CA）收录。